Besar/Utama
Pulau Sumatra
Pulau Jawa
Pulau Kalimantan
Pulau Sulawesi
Pulau Irian/Papua
Pulau Kecil
Kepulauan Sunda Kecil
Provinsi Bali
Pulau Bali
Pulau Nusa Penida
Provinsi Nusa Tenggara Barat
Pulau Lombok
Pulau Moyo
Pulau Sumbawa
Pulau Sangeang
Provinsi Nusa Tenggara Timur
Pulau Adonara
Pulau Alor
Pulau Bidadari (Labuan Bajo, Nusa Tenggara Timur) yang kini telah dikuasai oleh warga Inggris hingga 24 September 2035.
Pulau Flores
Pulau Komodo
Pulau Lomblen (Pulau Lembata)
Pulau Palue
Pulau Pamana
Pulau Pamana Besar
Pulau Pantar
Pulau Rote
Pulau Sawu
Pulau Solor
Pulau Sumba
Pulau Timor
Kepulauan Maluku
Provinsi Maluku dan Maluku Utara
Kepulauan Aru
Pulau Ambon
Kepulauan Babar
Pulau Bacan
Kepulauan Banda
Pulau Buru
Pulau Halmahera
Kepulauan Kai
Kepulauan Leti
Pulau Morotai
Kepulauan Obi
Pulau Saparua
Pulau Seram
Kepulauan Sula
Kepulauan Tanimbar
Pulau Ternate
Pulau Tidore
Pulau Wetar
Jawa
Pulau Karimun
Pulau Karimunjawa
Pulau Madura
Kepulauan Seribu
Pulau Kahyangan
Pulau Pabelokan
Pulau Bidadari
Pulau Onrust
Pulau Edam
Pulau Kelor
Pulau Rambut
Pulau Ayer
Pulau Puteri
Pulau Matahari
Pulau Sepa
Pulau Pantara Barat dan Pulau Pantara Timur
Pulau Bira Besar
Pulau Kotok
Pulau Pelangi
Pulau Papa Theo
Pulau Laki
Pulau Pamagaran
Pulau Sabira
Pulau Saktu dan Pulau Penike
Pulau Kotok
Pulau Papa Theo
Pulau Peniki
Pulau Matahari
Pulau Gosonglaga
Pulau Sepa
Pulau Kelapa
Pulau Harapan
Pulau Untung Jawa
Pulau Tidung
Pulau Pari
Pulau Panggang
Pulau Bidadari (Kepulauan Seribu, Jakarta)
Pulau Panjang
Kalimantan
Kepulauan Derawan, Kalimantan Timur
Pulau Derawan, Kepulauan Derawan, Kalimantan Timur
Pulau Kakaban, Kepulauan Derawan, Kalimantan Timur
Pulau Sangalaki, Kepulauan Derawan, Kalimantan Timur
Pulau Semama, Kepulauan Derawan, Kalimantan Timur
Pulau Panjang, Kepulauan Derawan, Kalimantan Timur
Sumatera
Pulau Bangka
Pulau lepar
Pulau Panjang
Pulau pongok
Pulau Semujur
Pulau Tujuh
Pulau Jemur
Pulau Belitung
Kepulauan Riau
Pulau Penyengat
Pulau Bintan
Pulau Dompak
Pulau Batam
Pulau Rempang, Batam
Pulau Galang, Batam
Pulau Belakang Padang, Batam
Pulau Samosir, Danau Toba, Sumatera Utarapulau nias
Sulawesi
Pulau Bunaken
Pulau Buton
Pulau Miangas
Pulau Muna
Lainnya
Kepulauan Mentawai
Kepulauan Natuna
Pulau We
Masih banyak lagi pulau di Indonesia baik yang sudah diberi nama dan dihuni maupun yang belum diberi nama dan belum dihuni oleh orang Indonesia sehingga kerapkali terjadi perebutan pulau antara Indonesia dengan negara-negara tetangga dengan tajuk persengketaan batas negara.
Lain-lain
Pulau Ligitan kini milik Malaysia dan disahkan oleh International Court of Justice.
Pulau Sipadan kini milik Malaysia dan disahkan oleh International Court of Justice.